Han passat dos anys des que en Peter Parker aconseguís dominar els seus nous poders. Encara no s'ha acostumat a la seva doble vida de fotògraf i superheroi, ha de fer front a tota mena de problemes personals i, a més a més, la Mary Jane continua fora del seu abast. Però haurà de deixar de banda les crisis existencials per enfrontar-se a un problema molt més gros: el Dr. Octopus.
A l'illa de Petri, a prop de la costa d'Irlanda, un error científic origina una raça de monstres diminuts que s'alimenten d'ossos, convertint les víctimes en masses gelatinoses. Per investigar els fets, arriba des de Londres un equip dirigit pel doctor Brian Stanley.
En un futur llunyà, en un planeta salvatge, la solitària adolescent Roxy allibera una criminal que estava enterrada a la sorra. Un cop lliure, la dona torna a sembrar el terror i la mort. Roxy i la seva mare, Zora, són considerades responsables, se'ls exilia de la seva comunitat i se'ls condemna a localitzar l'assassina. Així, comencen a vagabundejar pels territoris fantàstics i fantasmals del seu brut paradís.
