Segona meitat del segle XVII. Dos joves jesuïtes viatgen al Japó a la cerca d'un missioner que, després de ser perseguit i torturat, ha renunciat a la seva fe. Ells mateixos viuran el suplici i la violència amb què els japonesos reben els cristians.
Segle XVIII. Els grans imperis colonialistes, Espanya i Portugal, es disputen el domini d'Amèrica del Sud. El pare Gabriel dirigeix una missió al capdamunt de les muntanyes del Brasil, on els nadius són evangelitzats i porten una vida pacífica. Fins allà arriba Mendoza, un mercader penedit, a la recerca de redempció que, fascinat per la tasca del pare Gabriel, s'ordena capellà. La pressió duta a terme per Portugal obliga l'Església a cedir les terres on hi hagi la missió. El pare Gabriel i Mendoza, encara que per camins molt diferents, faran el que és impossible per defensar l'obra i evitar que els nadius siguin esclavitzats.
A hundred years after Europeans set foot in the New World, Brazil still remains largely unexplored. The Conquest recounts the saga of the earliest adventurers who wandered through these unknown lands. Jesuit priests, adventurers seeking gold, slaves and indigenous tribes were entangled in unceasing battles, at a time when laws were made by the sharp edge of a sword.
