2. Verdenskrig. Den hårdkogte major Reisman står i England for optræningen af tolv skrappe drenge. Det er mordere, voldtægtsmænd og gemene røvere. Og majoren går til opgaven uden fløjlshandsker. De må gennem et træningskursus, der er hårdere end noget andet, man hidtil har set, inden de bliver kastet ud i faldskærm over fransk jord på en mission, der meget vel kan betyde døden for dem alle.
Major Hank Marshall (Tommy Lee Jones) arbejder i 1950'ernes koldkrigstid med opbygningen og afprøvningen af det amerikanske atomforsvar. Hans kone, Carly (Jessica Lange), følger ham fra den ene militærbase til den anden, og hun er den stærkt erotiske blonde type, der omgående får de andre soldaterkoner til at låse deres mænd inde. Efter Hanks overordnede, Gen. Johnson (Powers Boothe), har sendt ham til Nevada for at overvåge en prøvesprængning, benytter generalen sig i mellemtiden af situationen til at prøvesprænge lidt med Carly. Da Hank vender hjem med en mistanke om, at nogle mennesker er blevet forgiftet af nedfaldet, får Johnson ham indlagt, så historien ikke slipper ud. Men så træder Carly for alvor i karakter for at redde den mand, hun elsker.
Warren "Rip" Murdock, en tidligere soldat, prøver at finde ud af, hvem der hængte hans ven Johnny op på et mord og fik ham myrdet! Sporet af hans krigskammerats mørke fortid fører Rip til Coral "Dusty" Chandler, der engang var Johnnys kæreste. Nu synger hun på en natklub, der bliver styret af den brutale gangster Martinelli. Rip får en prøve på den smukke blondines forførende charme, men bliver pludselig fanget i et kompliceret net af bedrag og fare. Er Dusty et uskyldigt pigebarn, eller er hun en dødsensfarlig sirene, der lokker Rip mod en sikker død?
Takeshi Kitano spiller Otomo, leder af en lille gruppe gangstere, der tilhører Ikemoto banden. Da bossen over alle Tokyos bosser hører, at Ikemoto er blevet lidt for venlig stemt overfor den rivaliserende Murase bande, bestiller han en lærerstreg til Ikemoto. Den skal Otomo stå for. Otomo og hans drenge lokker Murase banden i en fælde, men driver det lidt for vidt. Lidt for mange mishandlede ansigter, lidt for mange afskårne fingrer. Den rasende Murase bande sværger hævn.
Et team af videnskabsmænd, der arbejder på at rejse en sunket russisk atomubåd på en havplatform ud for Miamis kyst, Florida, afgraver et gammelt atlantisk levn fra havbunden og henter en ekspert til at finde ud af det. Men mens man forsøger at hæve ubåden, udløser radioaktiv lækage fra dens missler Atlantis' genopståen, og den resulterende flodbølge ødelægger platformen og efterlader kun en lille gruppe overlevende. Reddet af to Vietnamvetere, der er blevet tunge, og som er ude og slappe af efter deres seneste job, støder deres båd til sidst på grund på en caribisk ø i nærheden, hvor det, når de går i land, opdages, at alt er blevet ødelagt og alle dræbt. De skyldige, en ond gruppe af velbevæbnede raiders, og deres leder, Crystal Skull, er efterkommere af Atlantis' oprindelige race, der gik i gang med at generobre verden og tilføje de overlevende til listen over ofre, mens de kæmper for at holde sig i live og besejre raiders og sende Atlantis tilbage til havbunden.
