En Filipinas, Joe Armstrong (Michael Dudikoff), un soldado americano de la Armada, cae en una emboscada tendida por unos rebeldes. Pero con su supremo dominio de las artes marciales consigue defenderse y, de paso, descubrir una horrible conspiración en el seno del ejército americano...
Casey es un chico occidental cuya pasión por la filosofía ninja le lleva hasta Japón para estudiar Ninjutsu. Su instrucción avanza favorablemente y su Sensei le pregunta si estaría dispuesto a volver a Nueva York para proteger la legendaria Yoroi Bitsu, un arcón blindado que contiene las armas de los últimos Ninja Koga.
El maestro de ninjutsu Casey está de vuelta y en busca de venganza, luego de que asesinaron a su esposa embarazada.
Abandonada inesperadamente por su novio, una joven norteamericana llamada Abby (Brittany Murphy) se encuentra de repente sola y sin saber qué hacer en la ciudad de Tokyo.
Geisha Assassin sigue la historia de Koton, una hermosa geisha que hereda una espada de su familia y la utiliza para perseguir a Hyoe, el hombre que mató a su padre.
