Kun kaikki muu pettää, heihin voi luottaa. He ovat yhtä kuin G.I. Joe, huippusalainen eliittijoukko, joka pitää sisällään parhaat agentit eri puolilta maailmaa. Kun salaperäinen ja pahantahtoinen Cobra-järjestö varastaa huipputeknisen, salaisen aseen, G.I. Joet käyvät kilpajuoksuun aikaa vastaan estääkseen Cobraa käyttämästä asetta ja suistamasta maailmaa kaaokseen.
Roadblockin ja Duken tiimi ei tällä kertaa taistele vain verivihollistaan, terroristijärjestö Cobraa vastaan. Valkoiseen taloon on luikerrellut todellinen myrkkykäärme: Zartan on soluttautunut hallintoon Storm Shadown ja Fireflyn avustuksella. Pahin uhka tulee sisältä päin, kun erikoisjoukko määrätään tuhottavaksi. Maailman kohtalo lepää ryhmän harteilla ja heidän on toimittava omillaan. On vain yksi mies johon he voivat luottaa – itse alkuperäinen G.I. Joe, kenraali Joseph Colton, eliittijoukon legendaarinen perustaja.
When Utopia More discovers an ancient record that holds the key to unlocking the secrets of the universe, she becomes the target of the ruthless Gypsy Doc of the Pirate Guild. Utopia finds herself saved by the easy-going yet legendary space pirate, Cobra, whose custom made Psychogun makes him a force to be reckoned with. Together, the two of them attempt to stop Gypsy Doc (along with Cobra's revived arch-nemesis, Crystal Boy) and his efforts to steal the record and use its secrets to rule the universe.
