Jesse est maintenant devenu un adolescent, tandis que l'orque Willy a fondé sa propre bande et coule des jours heureux le long de la côte nord-ouest du Pacifique. Menacé par des chasseurs, Willy pourra une fois encore compter sur l'amitié de Jesse et l'aide de Max, le fils de l'un de ces chasseurs pour échaper aux dangers qui planent sur lui et sa bande.
Mené par un courageux pêcheur suédois, des fermiers s'opposent à un riche propriétaire sans aucun scrupule qui désire accaparer leurs terres.
En 1857, le « Nathan Ross », un voilier marchand, revient à New Bedford d'une expédition en Polynésie, sans son capitaine, Mark Shore, disparu là-bas. Son frère Joël, souhaite repartir au plus vite dans l'espoir de le retrouver. Mais avant cela, il épouse sa fiancée, Priscilla Holt, et l'emmène avec lui. Alors que le navire vient d'aborder une île, Mark réapparaît...
En 1896, trois baleiniers sont laissés en rade au nord du Canada et trouvent refuge dans une tribu eskimo. A mesure que le temps passe, les étrangers modifient les habitudes de la communauté à travers l'alcool, le sexe et le pillage. Les tensions culturelles s'accroissent.
Lorsqu'un bateau est porté disparu en Antarctique, Judie Nordhall, la fille du capitaine part immédiatement à sa recherche. En chemin, elle rencontre un ancien officier de la Navy, Duncan Craig. Ce dernier, qui tombe immédiatement sous le charme de la jeune femme, s'engage comme matelot sur le baleinier qui doit effectuer les recherches.
