Suite à une négligence, un savant se retrouve, le temps d'une expérience, enfermé dans une machine à désintégrer en compagnie d'une mouche. Le résultat de l'expérience qu'il effectuait sur lui-même est qu'il se retrouve moitié homme, moitié mouche.
Quinze ans après La Mouche noire, le fils du savant transformé en homme-mouche continue les expériences de son père. Mais poussé par les ambitions de son assistant, il se retrouve avec une tête et les membres d'une mouche. Sa vengeance envers les gens qui l'ont trahi sera terrible, et il doit découvrir le processus inverse.
Yoshiyama Akari va bientôt passer son baccalauréat. Elle est sur le point mener une nouvelle vie après avoir réussi l'examen d'entrée à l'université, sa mère, Yoshiyama Kazuko, travaille comme pharmacologue. Cependant, sa vie bascule lorsque sa mère a un accident de voiture. Conformément au souhait de sa mère, elle décide de partir en 1972 pour réaliser le souhait de sa mère. Dans le passé, elle rencontre Mizoroki Ryota, un jeune réalisateur de films qui l'aide dans cette époque inconnue.
Deux scientifiques sont retrouvés morts dans un laboratoire d'une station spatiale secrète où des problèmes techniques inexpliqués sont survenus.
L'histoire vraie du médecin qui a considéré qu'il était immoral de ne pas chercher un médicament qui guérirait syphillis.
