כשהבלש הארי גודמן נעלם באופן מסתורי, בנו בן ה-21, טים, מנסה לברר מה קרה. מי שעוזר לו בניסיון הזה הוא השותף לשעבר של הארי, הבלש פיקאצ'ו; בלש-על, חכמולוג, קורע מצחוק ומקסים, שאפילו בשביל עצמו הוא תעלומה. כששניהם מגלים שבאופן מוזר הם נועדו אחד לשני מכיוון שטים הוא היחיד שיכול לדבר עם פיקאצ'ו, הם משלבים כוחות בהרפתקה מרגשת בשביל לפזר את הערפל מעל לתעלומה המסתורית הזו.
האגדה שנכתבה לה ביומן מגוללת את סיפורם של שני פוקימונים אגדיים, פאלקיה – אדון המרחב, ודיאלגה – אדון הזמן. יצורים שמעולם לא היו אמורים להפגש, ודרכיהם נפגשו במסלול במקום שבו הזמן והמרחב חוצים זה את זה. המפגש הבלתי צפוי הזה הביא אותם למפגש לחימה ענקי אשר יתרחש בעיר אלאמוס, וכתוצאה מכך – כל העולם שאנו מכירים יהרס לחלוטין. כאשר אש וחבריו מגיעים לעיירת אלאמוס במטרה להתחרות בתחרויות הפוקימון שנערכות שם, הם נתקלים בתופעות טבע בלתי מוסברות. הם מאשימים בתחילה את פוקימון האופל המסתורי בשם דארקאי, וממהרים לתקוף אותו. דארקאי שלוקח על עצמו את תפקיד מגן העיירה מפני הכוחות האגדיים שמעבר לזמן ולמרחב נפגע, וכתוצאה מכך עתידם של אש, חבריו וכל תושבי העיירה נמצא בסכנה. המאבק של פאלקיה ודיאלגה עובר לשטחה של העיר. אש וחבריו מחליטים אז להירתם למשימה ולהציל את המצב.
לפני כאלף שנים, פרצה מלחמה אכזרית בין שני עמים ואיימה להחריב את העולם שהכרנו עד כה. המלחמה לקחה מקום למרגלות עץ ההתחלה, והיוותה איום לגורל האנושות כולה. אחד מאבירי הממלכה, סר ארון, שהיה בין היתר מאמנו של הפוקימון המסתורי – לוקאריו, לקח את ההחלטה לשים סוף למלחמה. הוא נעל את לוקריו במטה העתיק, הלך לעץ החיים והקריב את חייו על מנת להפסיק את המלחמה המרה ואת ההשלכות ההרסניות שלה. וכך חזר המצב לקדמותו וכולם חיו בשלום עד עצם היום הזה. כיום, אש קאצ׳ם וחבריו לוקחים חלק בנשף התחפושות בארמון המלכה. במהלך הטקס הם משחררים באופן בלתי צפוי את לוקאריו מתנומתו רבת השנים. יחד, אש, לוקאריו ושאר החברים, מנסים להגיע לעץ ההתחלה שנמצא בסכנה קיומית והם מחליטים לנסות להציל אותו. על הדרך הם לומדים מה באמת קרה לפני כל אותם שנים בקרב האדיר, וגם לומדים שיעור בחברות.
הילד האנושי קוקו גדל בג'ונגל בחיק שבט הזארוד המבודד. כאשר הוא פוגש את אש ואת פיקאצ'ו ומתיידד איתם, הוא מגלה את עולם בני האדם – וחושף מזימה שמאיימת על ביתו האהוב!
אש וחבריו ממשיכים במסע שלהם, כשלפתע וולקניון נופל מן השמיים ממש מולם. המטרה שלו הוא להשיג את מגירנה אשר נחטפה על ידי ממלכת אזות', עיר של מכונות על. אך אש ו-וולקניון נהיים מחוברים יחד באמצעות משהו מוזר. האם הם יצליחו לשתף פעולה ביחד ולהציל את מגירנה?
הסאגה השנייה בטרילוגיה של "פנינה ויהלום" ממשיכה כאשר הפוקימון האגדי גיראטינה מנסה להחזיר את העולם הנגדי לקדמותו באמצעות תפיסת הפוקימון דיאלגה. מסתבר שכאשר הפוקימונים דיאלגה ופאלקיה נלחמו בעיר אלאמוס במהלך הסרט העשירי, הם יצרו הרס רב בעולם הנגדי. אך סדר הדברים משתבש כאשר שיימין נכנס לתמונה, חושב שגיראטינה מנסה לאכול אותו ומאפשר לדילאגה לברוח
מטאוריט נופל עושה את דרכו לכיוון כדור הארץ, נכנס לאטמוספירה של כוכב הלכת ארץ ונוחת באיזור נידח. ריאוקוזה, שמתפקד על תקן שומר כדור הארץ, מבחין בשינוי הכוחות וישר ניגש לתקוף את החפץ הזר שמתגלה להיות דיאוקסיס, פוקימון חוצן. לאחר קרב ענקים, ריאוקוזה משמיד את דיאוקסיס ומחזיר את השקט לאדמה. ארבע שנים לאחר מכן אש וחבריו מגיעים לעיר לארוס ומתיידדים עם נער בשם טורי. טורי הוא בן של מדענים שמצליחים להחזיר את דיאוקסיס לחיים. אבל דבר זה שוב מעיר את ריאוקוזה, שמוכן להחזיר את השקט לאיזור בכל מחיר אפשרי. קרב ענקים נערך בין הפוקימונים האגדיים ואש והחבורה נקלעים באמצע כל המהומה. בנוסף לכך, העיר לארוס, שנבנתה על טכנולוגיה ורובוטי הגנה, מתחילה להפוך למקום מסוכן כאשר הרובוטים משיגים מחשבה משל עצמם, וזה תפקידו של אש קאטשם להחזיר את המצב לקדמותו.
