בסוף המאה ה-21, מפת כוכבים מתגלית בינות איוריהן של תרבויות האצטקים, המסופוטמים והמגדלנים. צוות ספינת החלל פרומתאוס נשלח למשימת מחקר לעקוב אחר המפה במטרה לגלות את מקור האנושות. כאשר הם חוקרים ציוויליזציה חייזרית מתקדמת, הם נתקלים באיום לעצם קיומה של האנושות. הסרט תוכנן כסרט מקדים לסרט הנוסע השמיני משנת 1979, אף הוא בבימויו של סקוט.
ג'ון אנדרטון הוא שוטר עתידני שעובד בשיטת מניעת הפשע "קדם פשע", בה שלושה נערים יתומים, ילדים לנרקומנים שהפכו למגידי עתידות, מחוברים למחשב רב עוצמה המפענח את אותות מוחותיהם לסרטים נבואיים על רציחות עתידיות, וכך מונעים אותן מראש. שוטר אחר מחקירות פנים, מתמנה להעריך מחדש את טיב השיטה הנבואית ומעלה שאלה פילוסופית מעניינת: למה לעצור אנשים על פשע שעוד לא ביצעו, אם אינך משוכנע שהם אכן יבצעו אותו? זהו הציר סביבו מתפתלת העלילה ה-"בלשית" משהו בסרט המד"ב המוערך של סטיבן שפילברג, לפי סיפור של פיליפ קיי. דיק.
