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エージェント"47"と呼ばれる冷徹な殺し屋は、共産主義の復興を目論む政治家の暗殺を企てる。遊説中のターゲットを見事に狙撃。完璧な仕事と思われたが、昨夜、バーで話かけてきた娼婦のニカに現場を目撃され…

歴史学者ベンのもとに古美術商のウィルキンソンが訪れる。彼がベンに見せたのはリンカーン大統領暗殺事件の犯人ジョン・ウィルクス・ブースの日記の失われた18ページだった。そこにはベンの祖先が暗殺事件に関与していたという記録が残っていた。ベンは、歴史的な遺産に隠された数々の暗号を解読しながら、一族にきせられた汚名を晴らすべく真相の究明に奔走する。

ブレナード博士（ロビン・ウィリアムズ）は天才的な発明家だが研究に没頭するあまり、恋人サラ（マルシア・ゲイ・ハーデン）との結婚式を2度もすっぽかしているとんでもないうっかり者。最期のチャンスと宣告された3度目の結婚式の当日、“究極のスーパー・エネルギー”の生成方法が突然ひらめき、早速実験開始！ところが、急激な化学変化で大爆発を起こし実験は大失敗…と思ったら、冷却タンクの中でなにやら動く気配が。中から出てきたのは透明なメロン・グリーンの不思議な物体。手にとるとそれは自由自在に姿を変え、くすぐると反応したりオドケてみせたり。その上ちょっと力を加えただけでものすごいエネルギーを放出する。ついに夢にまで見た驚異のスーパー・エネルギーの誕生だ。その名もフライング・ラバー（空飛ぶゴム）、フラバー！実験成功の興奮からふと我に返り結婚式を思い出すものの、もう完全に手遅れ…。さらに、この画期的な発明のことをかぎつけ、ひともうけしようとたくらんでいる者たちがいた。はたして、フラバーの運命は？そして博士とサラの恋の行方は…！

1943年、イギリス軍の暗号解読センター。ここに様々な分野の専門家が集められナチスドイツの暗号化装置“エニグマ”機の解読が進められていた。その頃、チームの中心的存在で若き天才数学者のジェリコは、同じセンターで働く恋人クレアと喧嘩別れしたことが原因で神経衰弱に陥り、強制的に休暇を取らされていた。そんなある日、彼は急遽センターに呼び戻される。ようやく解読に成功したエニグマの暗号コードが突然変更されたのだ。連合軍は一転して窮地に立たされる。イギリス諜報部のウィグラムはこの一件でチーム内にスパイがいると睨み捜査を開始する…。