ニューオーリンズで2匹の猫と静かに暮らすゲイリー・ジョンソン（グレン・パウエル）は、大学で心理学と哲学を教える傍ら、地元警察に技術スタッフとして協力していた。ある日、おとり捜査で殺し屋役となるはずの警官が職務停止となり、ゲイリーが急遽代わりを務めることに。これをきっかけに、殺人の依頼者を捕まえるためにさまざまな姿や人格に変身する才能を発揮し、有罪判決を勝ち取るための証拠を引き出し、次々と逮捕へ導いていく。 ところが、支配的な夫との生活に追い詰められた女性・マディソン（アドリア・アルホナ）が、夫の殺害を依頼してきたことで、ゲイリーはモラルに反する領域に足を踏み入れてしまう。 セクシーな殺し屋ロンに扮して彼女に接触。事情を聞くうちに、逮捕するはずの相手に対し「この金で家を出て新しい人生を手に入れろ」と見逃してしまう……！恋に落ちてしまったふたりは、やがてリスクの連鎖を引き起こしていくことに――。
12体のシャドウをすべて倒し、戦いに決着を付けたはずの理たち特別課外活動部。だが彼らの前に現われた転校生、綾時の正体が、実は滅びの宣告者である13体目のシャドウ“デス”であると判明する。これまでの戦いはデスを目覚めさせるためのものに過ぎなかったのかと絶望する理たち。そんな彼らに、綾時は戦いの記憶を消して穏やかに最後の時を迎えるか、すべてを知ったまま滅ぶかという選択肢を与える。
4月から月光館学園に転校してきた高校2年生の理（まこと）は、ある夜1日と1日の狭間にある“影時間”に陥ってしまう。時間が止まったように静止する街の中で、理は異形の怪物、“シャドウ”に襲われ、思わず自らの中から同じような異形の存在を出現させる。その存在は“ペルソナ”といい、シャドウに対抗する唯一の手段だった。やがて彼は、部活に偽装した同高校のペルソナ能力者組織“特別課外活動部”に招かれることになる。
理たち特別課外活動部はついに最後の大型シャドウを撃破する。情報によると、これで影時間も、そこに立つタルタロスの塔も消滅するはずだった。だが、戦いの終結に安堵する面々の期待をよそに、再び影時間は訪れる。困惑する一同がタルタロスに駆けつけると、そこには幾月理事長とアイギスがいた。明かされる衝撃の事実と訪れる悲劇、戦う理由を見失う仲間たち。その翌週、ふさぎ込む理の前に、謎めいた転校生・望月が現われる。
ペルソナ能力者たちの対シャドウ組織・特別課外活動部の一員となった理。最初は請われるままに参加しただけだった理だが、影時間の謎を追い、シャドウと死闘を重ねる中で、少しずつ仲間たちとの絆を結んでいく。なぜか理のそばにいることも任務だという美少女戦闘ロボットのアイギスら新たな仲間も加わり、かつてない充実した日々を過ごす理。その一方、彼はシャドウに勝利し、この時間が終わることに名残惜しさを抱き始めていた。
舞台は人々の欲望が渦巻く街――東京。 悪い大人たちを改心させているという「心の怪盗団」の存在が人々の間で噂されるなか、世間では物騒な事件が立て続けに発生していた。 そんなある日、「怪盗お願いチャンネル」に届いた1通の依頼をきっかけに、異世界の舞台に4人の高校生と1匹の黒猫が動き出す――。 原作ゲームともリンクする、完全オリジナルストーリー。
TVアニメの第2シリーズ。春。都会から離れ穏やかな時間の流れる田舎町。桜の舞い散るなか八十稲羽駅に降り立つひとりの少年・鳴上 悠。家庭の事情から叔父のいるこの町へやってきた悠は、地元の八十神高校へと転入することとなる。そしてはじまる学園生活——。放課後のショッピングモール。街で起こる連続殺人事件。深夜に流れるマヨナカテレビ…。悠と仲間たちに“今度は”一体どんな日々が待ち受けているのだろうか？
