メキシコでの任務の帰路、マイアミに立ち寄ったイギリス秘密情報部員ジェームズ・ボンドは、かつてのカジノ・ロワイヤルでの勝負の際同席したデュポンと再会し、彼の頼みでオーリック・ゴールドフィンガーのカードのいかさまを暴いた。ロンドンへ戻ったボンドは、ゴールドフィンガーがスメルシュの手先となって金の密輸を行っているらしいことを聞かされ、その調査を命じられた。調査中、ボンドはゴールドフィンガーに捕らわれ、彼がアメリカ合衆国のフォート・ノックスを襲撃して合衆国金塊保管所に貯蔵された金塊を奪取し、ソ連の巡洋艦に積み込んで海外に運び去ろうとしていることを知る。
ハムと爆弾を間違えてしまうようなダメ警察犬だったビーグル犬のシューシャイン。ある日、またまた大失敗をして落ち込みながら街を彷徨っているところを保健所の車に捕まり、マッドサイエンティストのバーシニスター博士の実験室に運ばれてしまう！逃げ出そうとしたシューシャインは間違って博士が密かに研究していた実験薬を全身に浴びてしまった！そして、その瞬間からシューシャインはスーパーパワーと喋る能力を持った超能力犬として生まれ変わってしまったのだ！ある日を境にキャピタル・シティの人々がピンチになると必ず、スーパーヒーローが現れるようになる。“アンダードッグ”と名乗り、赤いセーターと青いマントに身を包んだそのスーパーヒーロー。それは、一匹のビーグル犬、シューシャインだった！高速で空を飛び、巨大な動物のようなパワーで次々と悪を退治していくアンダードッグ。しかし、バーシニスター博士も諦めずに邪悪な計画を進めていた。博士の悪の手から街の平和と、そして、一人ぼっちだったシューシャインを家族として暖かく迎えてくれた親友のジャックとパパを、そして、美しいスパニエル犬、ポリーを守るため、アンダードッグは博士の計画を阻止すべく命をかけて戦うのだった。
スペクターの首領ブロフェルドを探し回るのに飽き飽きし、イギリス秘密情報からの辞職を考えていたジェームズ・ボンドは、カジノ・ロワイヤルで現金を持たずに大金を賭けて負けたテレサ・ディ・ヴィセンゾ公爵夫人を助けた。テレサと一夜を共にしたボンドは、彼女の父で犯罪組織ユニオン・コルスの首領のマルク＝アンジュ・ドラコに拉致され、赤ん坊を亡くして絶望しているテレサと結婚してくれるように頼まれる。テレサに自分で立ち直らせるよう説得したボンドは、ドラコから礼としてブロフェルドがスイスに潜伏していることを聞く。
シカゴ大学の若きエンジニア、エディは、バークレー博士の率いる科学プロジェクト・チームのメンバーとして石油に代わる画期的な新エネルギー発生装置“ソノ・ルミニッセンス”を開発する。水からエネルギーを生む、クリーンで効率のいいこの無限のエネルギー源は、環境汚染に疲弊した世界にとって大きな福音であり、エネルギー革命だった。しかし実験成功の打ち上げパーティの後、同僚を送って研究所に戻った彼はそこで何者かに殺された博士の死体を発見、おまけに研究所は爆破されてしまう。残ったエディはFBIからその嫌疑をかけられ、追われる羽目となるが……。
Xファイル課の閉鎖後、現場任務にまわされたFBI捜査官のモルダーとスカリーは、ビル爆破事件の責任を問われ、左遷の危機にさらされる。スカリーが辞職の決意を固めたと知って、やけ酒をあおるモルダー。そんな彼に、父の友人と名乗る医師が接近。爆破されたビルに、謎の死を遂げた少年と救助隊員の死体があったことを告げる。これをきっかけに事件の調査を始めたモルダーは、おそるべきエイリアン・ウィルスと、その背後にある秘密機関の正体に近づいていく。
アメリカ中西部の小さな町に人工衛星が墜落。機体に付着した未知のウイルスが原因で、住人は生まれたばかりの赤ん坊と、アル中の老人を除いて全滅。遺体の血液は全て粉末状に変化していた。細菌汚染の拡大を恐れた軍部は、科学者の中から各分野のスペシャリストを召集。ストーン博士をリーダーとする研究班を組織して、砂漠の地下施設へと送り込むが・・・。
