წელი 2035 წელია... ამაზრზენი, განუკურნებელმა ვირუსმა გაანადგურა ხუთი მილიარდი ადამიანი, ანუ მსოფლიოს მოსახლეობის 99%. გადარჩენილები იძულებულნი არიან იცხოვრონ მიწისქვეშეთში. კრიმინალი ჯეიმს კოული ნებაყოფლობით ეწევა სახიფათო მოგზაურობას დროის მანქანაში. მან უნდა დაბრუნდეს დრო, რათა დაეხმაროს მეცნიერებს ამ საშინელი ვირუსის წყაროს პოვნაში და საიდუმლოებით მოცული "თორმეტი მაიმუნის" საიდუმლოს ამოხსნაში.
2032 წელს, ერთ-ერთი ყველაზე საშიში კრიმინალი, საიმონ ფენიქსი, იღვიძებს კრიოს ციხეში 35-წლიანი ყინვის შემდეგ და გადაწყვეტს სან-ანჯელესი, მშვიდი, ყოველგვარი ძალადობისგან თავისუფალი, ქარიშხლით აიღოს. ვერ გაუმკლავდნენ ფენიქსის 1990-იანი წლების სასტიკ ჩვევებს, ოფიციალური პირები ეძებენ იმ ეპოქის პოლიციელს, რომელსაც შეუძლია 90-იანი წლების კრიმინალთან გამკლავება. ამისათვის ისინი ათავისუფლებენ სერჟანტ ჯონ სპარტანს, რომელსაც უსამართლოდ მიესაჯა თავისუფლების აღკვეთა კრიო ციხეში ფენიქსთან მისი ბოლო ბრძოლისთვის.
