Išėjusi iš psichiatrinės ligoninės, jauna moteris Li supranta, kad turi pakeisti savo gyvenimą. Ji išmoksta mašininkės amato ir įsidarbina advokato Edvardo biure. Edvardo elgesys su Li keičia ne tik moters išorę, bet ir jos charakterį. Tarp jų užsimezga keisti santykiai.
XX amžiaus pabaigoje žmonių populiaciją nuo žemės paviršiaus nušluoja mirtinas virusas. Išlikę keli procentai žmonijos priversti apsigyventi giliai po žeme. Nuteistasis Džeimsas Koulas sutinka dalyvauti eksperimentų serijoje mainais į amnestiją. Jis išsiunčiamas į praeitį, kad rastų žmones, atsakingus už paleistą virusą, ir gautų jo pavyzdį, pagal kurį galėtų sukurti priešnuodį. Įvykus klaidai jis atsiduria šešeriais metais anksčiau, nei planuota, ir dėl savo elgesio yra uždaromas į psichiatrijos ligoninę. Ten jis sutinka anarchistinių pažiūrų gyvūnų teisių gynėją Džefrį Goinsą. Šis bando padėti Džeimsui pabėgti iš ligoninės, tačiau bandymas nepavyksta. Koulas apsvaiginamas raminamaisiais ir prirakinamas prie lovos. Netrukus ligoninės personalas pastebi, kad Koulas dingo. Jis grįžta į savo laikus, bet netrukus vėl siunčiamas praeitin, kad surastų „dvylikos beždžionių armiją“ – pogrindinę grupuotę, tariamai paleidusią virusą, kuriai vadovauja Goinsas...
Filmo veiksmas rutuliojasi XX amžiaus šešto dešimtmečio pabaigoje. Pagrindinis herojus, sėkmingas žurnalistas Vordas, tiriantis įžūlia žmogžudystę viename mažame miestelyje, Amerikos prietuose. Jo tikslas - ištraukti nekaltą žmogų iš kalėjimo ir rasti tikrąjį nusikaltėlį...
