Kenshin Himura is een legendarische zwaardvechter. Hij is gestopt met het doden door middel van het zwaard. Hij probeert een vredig leven te leiden met Kaoru Kamiya die in het dorp een zwaardvechtersschool runt. Maar de zaken veranderen als het Akabeko restaurant, waar Kenshin Himura het liefst gaat eten, wordt verwoest. Kenshin Himura vindt daar een briefje waarop geschreven staat "Junchu".
Ogami Itto vecht met vrouwelijke ninja's die voor de Yagyu clan werken. Hij krijgt ook te maken met een verrader die van plan is de geheimen van zijn clan prijs te geven aan het Shogunaat en die beschermd wordt door de "Gods of Death".
Ogami Itto, de officiele beul van het shogunaat is in de val gelokt door de Yagyu-clan. Als Ronin vecht hij nu een oorlog uit samen met zijn kleine zoontje, Daigoro.
Vijf krijgers dagen Ogami uit voor een duel. Elk van hen heeft een vijfde deel van de beloning die op Ogami's hoofd staat en een vijfde deel van de informatie die hij nodig heeft voor zijn opdracht.
Ogami wordt door een vrouwelijke Yakuza ingehuurd om een corrupte gouverneur te vermoorden. Deze gouverneur wil Ogami ook inhuren voor een moord. Hij vermoedt echter dat hij zelf Ogami's doelwit is wanneer deze de opdracht weigert.
Ogami Itto wordt ingehuurd om een getattoeërde vrouwelijke moordenaar te vermoorden. Daarnaast levert hij strijd met Retsudo, het hoofd van de Yagyu clan en zijn zoon Gunbei.
In deze laatste film van de saga zien we de laatste confrontatie tussen Ogami and Retsudo. Retsudo heeft zijn halve familie reeds verloren door toedoen van Ogami. Retsudo haalt nog een keer alles uit de kast om Ogami te vernietigen.
Als Zatôichi, een rondreizende masseur en groot samoerai, een door criminelen gerund dorpje binnentrekt, weerhoudt het feit dat hij blind is hem er niet van het aan de stok te krijgen met de lokale bende.
Wanneer er een geest opduikt bij de wateren rond de schatkamer van het Shogunaat, gaat Hanzo op onderzoek uit en ontdekt dat het een dekmantel is voor het smokkelen van goud. Wederom hangt er een waas van corruptie en samenzweringen om heen.
Kagetora (Enoki) en Takeda (Tsugawa), twee samoerai-leiders, willen beiden voorkomen dat de ander teveel Japanse grond in zijn bezit krijgt. De twee achtervolgen elkaar over het platteland van Japan, wat leidt tot heftige gevechten tussen hun legers. Takeda is echter jonger en minder bruut dan zijn tegenstander. Hij moet de kracht vinden om net zo bruut te zijn, maar tegen welke prijs?
De laatste samoerai die een leger van 690 leidde tegen een vijand van 50.000 - In 1867 keerde de politieke macht terug naar de keizer en kwam er een einde aan 260 jaar Tokugawa-shogunaat, wat resulteerde in de verdeling van de domeinen in het oostelijke leger of . Leger van het Westen. In 1868 leidde de Slag bij Toba-Fushimi tot de Boshin-oorlog. Tsuginosuke Kawai, de belangrijkste vazal van een klein domein in Echigo genaamd Nagaoka, besloot niet tot een leger te behoren en 'gewapende neutraliteit' te beoefenen. Strijd was de norm in het samoerai tijdperk, maar hij had sterk het gevoel dat oorlog niet de oplossing was en dat het de burgers niet kon beschermen.
In het vierde deel springt Musashi's potentieel grootste tegenstander Kojiro op de vreemdste en meest toevallige momenten in en uit het verhaal. Terwijl zijn grote liefde Otsu is bezweken aan waanzin. Musashi gaat vervolgens op pad om de functionarissen van een verraderlijke clan te verslaan in een gearrangeerd duel. 73 tegen één. De opschepperige Kojiro kijkt toe, veilig in de wetenschap dat alleen hij een waardige tegenstander is.
