In de stad van Mitakihara, stuit Madoka Kaname, samen met haar vriendin Sayaka Miki, op een schepsel genaamd Kyubey en wordt van heksen gered door magical girl Mami Tomoe. Kyubey biedt Madoka en Sayaka de kans om een wens te vervullen in ruil voor het strijden tegen heksen als magical girls.
Wanneer de meiden te waarheid leren achter het bestaan van magical girls, valt de een na de ander weg. Ondanks dit alles, blijft één magical girl doorvechten - Homura Akemi.
Deze film speelt zich af in de Kojima regio van Okayama Prefectuur in het jaar 2020, twee dagen na de Tokyo Olympics, ook bekend als Tokyo 2020. Kokone's vader is altijd druk bezig met auto's modificeren.
In het ziekenhuis van Waverly Hills in Louisville, Kentucky heerst een virus. Door dit virus sterven duizenden mensen en ze worden via ondergrondse tunnels naar het sanatorium gebracht.
Dertien vrouwen die klasgenoten waren, vragen een swami om hun horoscoop te lezen. Het nieuws dat ze ontvangen is voor geen van hen goed.
Hoewel Vivian Revere schijnbaar de meest succesvolle is van een drietal herenigde klasgenoten, gooit ze het weg door af te dalen in een leven vol losbandigheid en drugs.
Een gesprek tussen twee Ecuadoriaanse vrienden in de stad Panama.
She has a loving family and best friends, laughs and cries from time to time... Madoka Kaname, an eighth grader of Mitakihara middle school, is one of those who lives such a life. One day, she had a very magical encounter. She doesn't know if it happened by chance or by fate yet. This is a fateful encounter that can change her destiny. This is a beginning of the new story of the magical witch girls.
