De Clone Wars razen naar hun hoogtepunt als Kanselier Palpatine wordt ontvoerd door General Grievous, een inmiddels bekende Jedi-doder. Anakin Skywalker en Obi-Wan Kenobi strijden als broers in dit gevecht om hem te redden en ze gaan een laatste confrontatie aan met de leider van de seperatisten, Count Dooku.
Sho en zijn vriend Tetsurou komen tijdens een wandeling door het bos een vreemd buitenaards artefact tegen. Dan breekt het buitenaardse artefact los van zijn metalen bindingen en komt het lichaam van Sho binnen, waardoor hij in de Guyver verandert. Met deze nieuwe kracht moet Sho de strijd aangaan met het kwaadaardige Chronos-bedrijf en hun genetisch verbeterde Zoanoïden, die proberen de Guyver terug in hun laboratoria te krijgen. Niemand in de buurt van Sho is veilig voor Chronos.
