Een groeiende groep van genetisch geëvolueerde apen onder leiding van Caesar wordt bedreigd door een aantal menselijke overlevenden van een verwoestend virus dat een decennium eerder is uitgebroken. Ze bereiken een broos vredesbestand, maar dat blijkt maar van korte duur te zijn. Beide kanten staan op de rand van een oorlog die zal bepalen wie de dominante soort op Aarde zal worden.
Het verhaal speelt zich af in het huidige San Francisco, waar de wetenschapper Will Rodman zich bezighoudt met genetische manipulatie op apen in z’n strijd tegen Alzheimer.
Ondanks al zijn inspanningen om een oorlog te vermijden, is Caesar alsnog in een onvermijdelijke strijd geraakt met de mensen. Caesar moet tot het uiterste gaan, terwijl hij geplaagd wordt door herinneringen aan zijn voormalige vriend en verrader Koba.
Vanwege de economische druk is Adam Hitchens, een in Londen gevestigde natuurbeschermer, gedwongen een baan aan te nemen als landmeetkundige in de Ierse bossen. Hij hoopt dat de verhuizing naar een molen op het platteland een verademing zal zijn voor zijn vrouw Claire, hun jonge zoontje Finn en de hond Iggy.
Vijftien jaar geleden zijn vijf vrienden ontvoerd geweest door buitenaardse wezens; slechts vier van hen zijn teruggekeerd. Nu hebben deze vier mannen het voor elkaar gekregen om een zo'n buitenaards wezen "die hun vriend vermoord heeft en hun levens geruïneerd heeft" gevangen te nemen. Tijd voor wraak... van beide zijden.
