Maverick wordt samen met zijn co-piloot Goose aangenomen bij Top Gun, een keiharde marineopleiding voor piloten. Hij gaat hier de concurrentie aan met een andere toppiloot, Iceman. Na een tragische gebeurtenis realiseert Maverick zich dat het leven toch keihard kan zijn en twijfelt of hij nog verder wil gaan met vliegen. Uiteindelijk moet hij toch bewijzen wie de beste piloot is.
De Tweede Wereldoorlog: de slag bij Guadalcanal zal een grote invloed hebben op de Japanse positie in het gebied. Een groep jonge soldaten wordt als steun naar de oorlogsmoeë Marine-eenheden gebracht.
Sergeant Tom Highway is zijn hele leven bij de marine geweest. Hij diende in Korea en Vietnam en werd daarvoor hoog onderscheiden. Tegenwoordig houdt hij zich bezig met waar hij het beste in is: het trainen en opleiden van jongeren. In zijn nadagen komt Tom oude vrienden en relaties tegen, maar loopt tevens tegen nieuwe problemen aan. Tom probeert grip te krijgen op het persoonlijk falen in zijn huwelijk en doet zijn best om zijn relatie met zijn ex-vrouw Aggie weer nieuw leven in te blazen.
Het is 2065: er staat een grote aanval op geest-achtige aliens op het punt om te beginnen. Dr. Aki Ross probeert de geheimen van de aliens op tijd te ontdekken, om zo zowel de planeet als haar geïnfecteerde lichaam te redden. Terwijl Aki en haar mentor Dr. Sid op zoek zijn naar een vreedzame oplossing, wil de generaal Hein maar één ding: de aliens in één grote aanval voorgoed vernietigen.
Archy Hamilton en Frank Dunne zijn de beste sprinters van heel Australië. Als de eerste wereldoorlog uitbreekt besluiten ze hun achtergonden achterwege te laten en schrijven zich in om zich aan te sluiten bij de ANZACS.
Duke en de andere Joes vechten het uit tegen Cobra om de B.E.T. - the Broadcast Energy Transmitter, een nieuwe uitvinding die gebruikt kan worden om aardbewoners te muteren vanuit de ruimte. Dit keer hebben Cobra Commander en Serpentor hulp van de Cobra-La, een groep mutanten die de wereld willen veroveren.
