Boven de Atlantische Oceaan kapen islamitische terroristen een Boeing 747 op weg naar Washington. Hun leider moet meteen vrijgelaten worden of het toestel ontploft in volle vlucht. Maar terrorisme-expert Grant ontdekt dat de kapers nog een ander doel hebben: met gifgas dat zich aan boord bevindt, willen ze de Amerikaanse Oostkust treffen.
De film gaat over United Airlines vlucht 93 van 11 september 2001 die door terroristen werd overgenomen. De passagiers kwamen er door gesprekken op hun mobiele telefoons achter dat andere vliegtuigen al in de torens van het WTC waren gevlogen en dat hun vliegtuig op weg was naar Washington D.C. De film laat zien hoe de passagiers besloten in opstand te komen tegen de kapers in een wanhopige poging te voorkomen dat het vliegtuig zou neerstorten.
In een post-apocalyptische wereld krijgen de bewoners van de appartementen boven een slagerij af en toe wat vlees toegestopt. Vlees is een schaars goed geworden en er wordt bijzonder zuinig omgesprongen met de voorraad. Een jongeman die nieuw in de stad is, wordt verliefd op de dochter van de slager.
Als haar van terrorisme verdachte echtgenoot tijdens een vlucht van Zuid-Afrika naar Washington verdwijnt, besluit Isabella (Reese Witherspoon) de zaak met behulp van een politieke vriend verder uit te zoeken. In dezelfde tijd is CIA-agent Douglas Freeman (Jake Gyllenhaal) getuige van een nogal onorthodox verhoor, dat de nodige vragen bij hem naar boven brengt.
Een fictief verslag van de kapers van 11 september.
