Cæsar og hans aper blir tvunget inn i en dødelig konflikt med en menneskehær ledet av en nådeløs oberst. Apene må tåle store tap og Cæsar blir tvunget til å lede apene på en mørk og mytisk jakt for å hevne sitt folk. Når Cæsar og obersten endelig møtes blir de kastet inn i en episk kamp som til slutt vil avgjøre skjebnen til deres respektive raser og planetens fremtid.
Ti år har gått siden hendelsene i Rise Of The Planet Of The Apes. De intelligente apene, ledet av Caesar, har grunnlagt en sivilisasjon i skogen utenfor San Francisco og lever i antakelsen at menneskeheten har dødd ut. Men plutselig blir apenes fredelige eksistens truet - de treffer på en gruppe mennesker som trenger seg inn på deres territorier. Ledet av Malcolm, forsøker gruppen inntrengerne å finne nye energiforsyninger for å kunne overleve i ruinene i San Francisco. Caesar og Malcolm danner en motvillig våpenhvile, men en voksende mistro - og militante grupperinger på begge sider - gjør at det snart brygger opp til en altomfattende krig.
