Ghost Dog jest płatnym mordercą, pracującym dla najważniejszego bosa włoskiej mafii. Podczas porachunków gangów przypadkowo z opresji ratuje go inny gangster. Ghost Dog jako wyznawca zen i zwolennik kodeksu samurajskiego bushido, całkowicie oddaje się w ręce swego wybawiciela. Pracując dla niego, przeciwstawia się włoskiej mafii.
Japonia, rok 1614. Dwa rywalizujące ze sobą od setek lat rody ninja (shinobi), zostają zmuszone przez shoguna do stoczenia walki na śmierć i życie. Każdy z rodów wystawia do pojedynków pięciu najlepszych wojowników ninja, dysponujących unikalnymi i jedynymi w swoim rodzaju, nadludzkimi umiejętnościami.
A great warrior is displaced to the distant future by the evil shape-shifting wizard Aku. The world has become a bleak place under the rule of Aku, segregated into fantastic tribes and ruled by Aku's evil robot warlords. Jack travels this foreign landscape in search of a time portal that can return him to his home time so he can "undo the future that is Aku!".
