Młody mężczyzna (James McAvoy) dowiaduje się, że jego zaginiony ojciec w rzeczywistości jest zawodowym zabójcą. Kiedy ojciec zostaje zamordowany, syn zostaje zwerbowany do organizacji, która wyszkoliła jego ojca. Dostaje nauczyciela o imieniu Sloan (Morgan Freeman). Pod jego okiem chłopak przechodzi trening, który ma sprawić, że zajmie miejsce swojego ojca.
Opowieść o Agojie, żeńskiej jednostce wojowników, która w XIX wieku chroniła afrykańskie królestwo Dahomeju za pomocą umiejętności i zaciekłości niepodobnych do niczego, co kiedykolwiek widział świat, oraz generała Nanisca, który szkoli i przygotowuje nowe pokolenie rekrutów do walki z wrogiem zdecydowanym zniszczyć ich sposób życia.
Kryjąca w swoim wnętrzu nieznane dotąd ludzkości siły zła, puszka Pandory ukryta jest na kontynencie afrykańskim, na obszarze znanym jako 'kolebka życia'. Zadaniem światowej sławy badacza grobów - Tomb Raidera - Lary Croft (Angelina Jolie) jest znalezienie tego okrytego złą sławą przedmiotu zanim wpadnie on w ręce maniakalnego naukowca, zdobywcy nagrody Nobla Dr Jonathana Reissa (Ciarán Hinds). Mający w swoich zamiarach okiełznanie na własny użytek sił zła, Reiss musi zostać za wszelką cenę powstrzymany.
