Thomas Anderson é um jovem programador que, fora das horas de serviço, dá pelo nome de Neo, um «hacker». Ele sempre percebeu que algo no mundo não estava bem. A esperança de encontrar as respostas que procura leva-o a seguir o «coelho branco». E depois, a vida dele nunca mais será a mesma.
As máquinas estão a preparar o embate decisivo contra os humanos rebeldes e preparam-se para a invasão de Zion. Para muitos, a última esperança é a defesa da cidade até ao último homem. Porém, para Trinity, Morpheus e outros, é em Neo que reside a derradeira oportunidade para a raça humana. Assim, Neo e os tripulantes da nave de Morpheus partem em busca do "Chaveiro", um programa antigo que pode facilitar-lhes o acesso ao centro da Matrix, mas que está prisioneiro de outro programa, o francês Merovingian.
Passaram vinte anos após os acontecimentos de "Matrix Revolutions". Neo leva uma vida aparentemente normal em São Francisco sob a sua identidade original de Thomas A. Anderson e frequenta um terapeuta que lhe prescreve comprimidos azuis para contrariar as estranhas memórias que ocasionalmente o atormentam. Também conhece uma mulher que parece ser Trinity, mas não se reconhecem um ao outro. Quando uma nova versão de Morpheus lhe oferece um comprimido vermelho, a mente de Neo reabre-se ao mundo da Matrix, que se tornou mais segura e perigosa nos anos decorridos desde a infecção Smith, e Neo volta a juntar-se a um grupo de rebeldes para lutar contra um novo inimigo.
Após enfrentar os sentinelas no mundo real, Neo fica preso num local entre a Matrix e a realidade, enquanto Trinity e Morpheus o tentam ajudar a libertar-se no mundo real através da Oráculo. Após obterem sucesso no resgate, o trio divide-se: enquanto Morpheus parte rumo a Zion para ajudar no combate contra as máquinas, Neo e Trinity vão à cidadela das máquinas para contra-atacar.
Dean Corso, um especialista em livros raros, é contratado pelo milionário Boris Balkan para averiguar a autenticidade de um livro muito raro que acaba de comprar, necessitando de o comparar a outros dois exemplares ainda existentes. Mas este livro tem uma origem muito misteriosa: escrito em 1666, o seu autor foi queimado pela Inquisição e supõe-se ter sido copiado de um livro escrito pelo Diabo.
Um barman encontra o telemóvel de um estranho, deixado no bar durante uma luta, e começa a receber mensagens perturbadoras que vão pôr em causa a sua sanidade mental.
Abby Quinn é uma mulher grávida e ansiosa por dar à luz. Mas um passado de abortos espontâneos assombra-a com sonhos terríveis onde perde novamente o seu filho. Mas quando decide arrendar um dos quartos a um desconhecido misterioso, depara-se com uma cadeia de acontecimentos que pode despoletar o Fim do Mundo.
Um conjunto de coincidências levam John ao Peru, à procura de uma antiga lenda conhecida como "Profecia Celestina". Resistente de início, céptico e inseguro, ele descobre que cada passo que dá, cada pessoa que encontra, levam-no para um novo nível de conhecimento. É neste despertar para uma consciência mais elevada que ele descobre o verdadeiro sentido da vida e o seu próprio destino.
