Misterul Armatei celor 12 maimuțe se află între trecut și viitor, între luciditate și nebunie, între vis și realitate. Acțiunea filmului are loc în anul 2035 când omenirea subzistă într-o dezolantă lume a morții, urmare a distrugerii în proporție de 99% a populației Pământului. Cole, un voluntar încăpățânat sprijinit de Kathryn Railly au numai două indicii pentru a descifra enigma Armatei celor 12 maimuțe, care amenință să șteargă omenirea de pe fața pământului.
Simon Phoenix, un criminal violent înghețat criogenic în 1996, a scăpat în timpul unei audieri de cuvânt de onoare în 2032, în utopia San Angeles. Poliția nu este capabilă să se ocupe de căile sale violente și se întoarce la capturatorul său, John Spartan, care fusese de asemenea înghețat criogenic atunci când a fost acuzat în mod greșit că a ucis 30 de oameni nevinovați în timp ce îl prindea pe Phoenix.
Un doctor distrat concepe o mașină care taie rocile și o folosește la săpatul unui puț până în centrul Pământului.
