История рассказывает о героических усилиях криптозоологического агентства «Монарх» по сдерживанию гигантских монстров. В этот раз против могучего Годзиллы выступают Мотра, Родан и ультимативный кайдзю — трёхголовый монстр Кинг Гидора. Когда эти древние суперхищники, со временем превратившиеся в полузабытые мифы, восстают снова, чтобы сойтись в схватке, человечеству остаётся отойти в сторонку и постараться не погибнуть.
Трое тинейджеров отправляются на лодке в море, чтобы найти пропавшего рыбака, но попадают в шторм и оказываются на острове, который служит базой для террористической организации «Красный Бамбук». Помимо этого в прибрежных водах острова обитает и гигантский краб Эбира. Победить всех врагов может только Годзилла, который по счастливой случайности тоже оказывается неподалёку.
К 1999 году все гигантские земные монстры (в том числе и Годзилла) оказались пойманы и отправлены на небольшой японский островок для заточения и изучения. Однако группа инопланетян сумела подчинить себе чудовищ, освободить их и вновь направить против человечества. Команде астронавтов поручено в срочном порядке найти и ликвидировать базу злобных пришельцев, пока контролируемые ими монстры не сравняли с землёй все города планеты.
Долгие годы жители поражённого радиацией островка в Тихом океане поклонялись своему божеству — гигантской бабочке Мотре и заодно её огромному яйцу, из которого в своё время должна была вылупиться новая Мотра. Так продолжалось до тех пор, пока на остров не налетел тайфун, который смыл драгоценное яйцо в море и прибил к берегам Японии, где его выловила бригада рыбаков. Мотра в сопровождении двух своих фей-хранительниц обратилась к людям с просьбой вернуть яйцо обратно, но получила отказ: находка уже попала в руки крупной корпорации, решившей превратить яйцо в прибыльный аттракцион для туристов. Впрочем, когда страну вновь начал терроризировать Годзилла, людям ничего не оставалось, кроме как признать свою ошибку и просить Мотру о защите.
Японские шахтёры случайно вызволяют из подземного плена огромного трёхголового монстра Десгидору, ранее уже успевшего уничтожить марсианскую цивилизацию. На битву с Десгидорой выдвигается извечная защитница Японии — гигантская бабочка Мотра.
Жрицы Мотры, предсказавшие скорое возвращение «короля ужаса», оказываются правы — у берегов Японии вновь объявляется дракон Гидора, заклятый враг Мотры. Гидора силён как никогда прежде, поэтому чтобы одолеть его, приходится прибегнуть к хитрости. Решено транспортировать Мотру в прошлое, во времена динозавров, чтобы победить ещё молодого и не такого могучего Гидору.
Жрицы Мотры в компании трёх ребят отправляются на поиски затерянного подводного города Нилвай Кинай. Там они планируют отыскать мифическое сокровище, которое даст шанс победить смертоносного морского монстра Дагару, появившегося благодаря плачевной экологической обстановке на планете.
