Práve keď eso IMF, Ethan Hunt, vykonával tajnú operáciu v Moskve, spáchal ktosi úspešný bombový útok na Kremeľ. Ruskí predstavitelia sú nahnevaní a hovoria dokonca o vojnovom akte. A pretože sa všetky nitky zbiehajú práve v IMF, americký prezident dá pre istotu od agentúry oficiálne ruky preč vyhlásením „Ghost Protocol“, čím ju odreže od zdrojov, zázemia, podpory a z jej členov urobí ľudí na odstrel. Ethan Hunt sa preto pokúsi o nemožné...
Mladý milovník počítačových hier David Lightman sa omylom dostane do tajného počítača v Pentagóne, ktorý má úplnú a nezvratnú kontrolu nad americkým jadrovým arzenálom. Ministerstvo obrany tak chcelo eliminovať nebezpečný "ľudský element" pre prípad, keby naozaj došlo k vojne. To ale David nevie, a preto začne hrať s počítačom nevinnú hru na globálnu nukleárnu vojnu, čím nechtiac spustí odpočítavanie do začiatku tretej svetovej vojny. Až vtedy si chlapec uvedomí, že má skutočný problém. Spolu s vládnym úradníkom McKittrickom musí vyhraj súboj s časom a presvedčiť počítač, že šlo iba o hru a donútiť ho zastaviť odlet bombardérov do Ruska.
Na Zem spadne vesmírna sonda a prinesie so sebou nebezpečný mikroorganizmus, ktorý počas pár hodín vyhladí obyvateľov malého mestečka. V sonde je objavený neznámy mikroorganizmus, vedci ho nazvú Andromeda. Po nejakej dobe zistia, že Andromeda rozkladá zdravú krv čo vysvetľuje ako zomreli ľudia v onej malej dedine a tiež aj ako mohli niektorí prežiť. Tiež, ale zistia, že pomerne rýchlo mutuje a behom pár dní je pre človeka neškodný, avšak začne rozkladať všetky plastické hmoty, z ktorých sa tiež skladá časť laboratória. Po narušení izolácie počítač spustí autodeštrukciu, aby zabránil úniku látky mimo laboratória. Vedci musia autodeštrukciu vypnúť ak chcú prežiť, ale počítač je dobre chránený ...
