Пошто је СНМ-ов оперативац Итан Хант окривљен за терористичко бомбардовање Кремља, председник ће покренути "протокол Дух" и порећи било какву повезаност с њим и остатком агенције. Остављен без средстава и подршке, Итан ће морати да пронађе начин да скине љагу с имена агенције и спречи поновни напад. Ствари се додатно компликују кад Итана натерају да на ову мисију крене с тимом СНМ-ових колега бегунаца чије личне мотиве не зна у потпуности.
Радња филма смештена је у блиској будућности у којој се посада једне подморнице суочава са озбиљним проблемом. Млади официр поседује изванредан слух којим може да препозна сваки звук који чује. У француској нуклеарној подморници, све ће зависити од њега након људске грешке која ће угрозити животе целе посаде.
Побуњеници у руској војсци, предвођени Радченком, заузели су лансирну рампу нуклеарних глава. С обзиром да је упућена претња САД-у, америчка нуклеарна подморница Алабама креће у акцију. Подморница губи контакт са својом базом и посада не зна да ли је руска војска савладала побуњенике. У подморници настаје подела на оне који желе да лансирају нуклеарну ракету на базу побуњеника и на оне који би, због могућих нежељених последица, сачекали поправак везе са базом.
An MSDF submarine collides with a U.S. nuclear submarine, crushing all 76 people on board, including its CO, Shiro Kaieda. However, the crew survives. The accident is a cover story to get the MSDF submarine's crew on board the Seabat, a nuclear submarine secretly built by the Japanese and U.S. governments. However, Kaieda loads the Seabat with nuclear missiles and suddenly mutinies and flees.
