Korkunç “Kaiju”ya karşı insanlığı kurtarmak için hayatını veren efsanevi bir babanın oğlu, bir zamanlar umut vaat eden bir Jaeger pilotu olan asi Jake Pentecost, eğitimini bırakıp yeraltı suç dünyasına girmiştir. Ancak, durdurulması zor bir tehdit şehirleri yıkıp dünyaya diz çöktürürken, yıllardır ayrı düştüğü kız kardeşi Mako Mori, Jake’e babasının mirasına layık bir şekilde yaşaması için son bir şans verecektir. Tek umutları bir arada hareket etmektir.
Genetik olarak bir superman gibi geliştirilmiş olan Khan megalomanyak ve tehlikeli bir suçlu olduğundan yıllar önce ıssız Ceti Alpha 5 gezegenine sürülmüştür. Oğlunun ölümü ve kendi bahtsız kaderinden ötürü Kaptan Kirk'ü suçlamakta ve intikam hisleriyle yanıp tutuşmaktadır.Komutan Chekov yanlışlıkla Khan'ın olduğu yere ışınlanınca, bu tehlikeli düşman sonunda aradığı fırsatı bulur. Kurbanlarının beynini kontrol etmeye yarayan parazimsi bir yaratığı kullanan Khan Yıldızgemisi Reliant'ı ele geçirmeyi başarır. Gemiyi ve bir araştırma projesinden yağmaladığı ekipmanı kullanarak Kirk'ü yoketmeyi planlamaktadır. 'Genesis Effect' isimli projenin asıl amacı sıfırdan bir gezegende canlı yaşamını başlatmaktır. Ancak ekipmanın yeni dünyalar yaratmaya vakıf olan kudreti, aynı zamanda varolanları yoketmeye de imkan tanımaktadır.Kirk ve ekibi bir kez daha tüm güçleri ve cesaretleriyle arkadaşlarını kurtarmak ve Khan'ı sonsuza dek susturmak zorundadırlar.
Okyanus üzerinde iken uçakları kaza yapan 30 kadar Amerikan askeri okul öğrencisi yakınlardaki ıssız bir tropikal adaya çıkarlar. Kazadan hiçbir yetişkin sağ kurtulamamıştır. Yetişkinlerin, dolayısı ile baskının ve kuralların olmadığı bir dünya üstelik de bir mercan adasının cenneti andıran ortamı ile birleşince çocuklara başlarda çok güzel gelir. Kendilerine göre bir düzen kurup oyunlar oynayıp avlanırlar. Ancak aradan zaman geçtikçe oluşan rekabet, korku ve güvensizlik bu, bir bakıma demokratik düzeni terkedip kabile düzenine geçmelerine ve bunun sonucunda da gitgide vahşileşip korkunç bir kişiliğe bürünmelerine yol açar. Kaçınılmaz olarak da kamplaşma başlar. Bir grup çocuk uygarlığı temsil eden akılcı ve karizmatik Ralph'ın liderliğini kabul ederken diğer bir grup da ilkelliğin temsilcisi olan Jack'in peşinden giderek kampı terk ederler.
Asırlık askeri okulun kapatılacağı ve arazisinin satılıp öğrencilerinin başka okullara dağıtılacağı haberi gelince kimse okulunu bırakmak istemez özellikle de okulun baş komutanı ve onun genç yardımcısı öğrenci binbaşısı Brian. Aksilikler ve şanssızlıklar sonucu okul komutansız kalınca Brian 12-17 yaş arasındaki öğrencilerin komutanı olarak başa geçer ve silahlanıp okulu ele geçirirler. Bundan sonra bu gençler ile asker, polis ve veliler arasında bir harp başlayacaktır.
UNSC Cadet Thomas Lasky must conquer his inner fears and join forces with super-soldier John-117 to take down a massive faction of the Covenant.
