根据严歌苓小说改编。1937年，日军入侵南京，战火中，六朝古都化为废墟，众多中国军民被困城中。一支十数人的国军德械教导队余部在长官李教官（佟大为 饰）指挥下，从日军手中救出了一批教会学校女学生，而李教官等人，至此丧失了出城的机会。幸免于难的书娟（张歆怡 饰）等学生返回文彻斯特教堂，随她们一 起来到的，还有受雇远道至此收敛神父遗体的美国人约翰·米勒（克里斯蒂安·贝尔 Christian Bale 饰）。此时的南京城中，逃难的人们蜂拥进安全区和教堂寻找庇护，十四名风尘女子强行进入教堂避难，其中精通英语的玉墨（倪妮 饰）希望借助约翰的身份为一行人提供更多保护。教堂的墙壁，并不能阻挡日军的铁蹄，教堂内的人们，将面临孰生孰死的选择……
影片是从1937年的12月，南京城破开始。尽管有大批的国民党士兵溃逃出城，但与此同时，也仍然有大量不愿意投降的士兵留了下来，在这座城市的街头巷尾展开了无望而惨烈的抵抗。其中就有国民党精锐部队一员的陆剑雄(刘烨)。 在抵抗最终失败之后，在数十万中国人的鲜血终于染红长江之后，南京全城沦为一片死地。唯一尚有生机存留的，就是位于金陵女子学院的"安全区"。在这里，大量的难民因为拉贝的"纳粹"身份而暂时获得了喘息的机会。而实际主持安全区难民工作的，则是拉贝的秘书唐先生(范伟)和归国女教师姜淑云(高圆圆)。 但是，在日军的眼中，所谓"安全区"，只不过是一个囤积了大量女性资源的"仓库"。而拉贝的德国人身份，在强势的日本军队面前，也只不过是一块随时可以扯去的遮羞布。而中国的女人们，则用她们的身躯不仅仅拯救着隐藏在难民营的男人，也在拉贝面前书写了一段中国人坚强的历史。 日本军人的形象塑造，是这部电影的一大突破。作为占领者的他们，当然可以享受某种意义上的正常生活。但是，在南京这座战争因素被极端放大的城市中，即使是占领者，即使面对的只是别人的屈辱和死亡，也仍然难以逃避自身的灵魂震荡甚至拷问。 角川(中泉英雄)是日本十六师团的一名普通士兵。被队友称为"读过书的人"的他，敏感、涉世未深，甚至在参战之前都还没有交过女朋友。而他的同乡队长伊田(木幡龙)，则已经是一名老兵，一名职业军人。在南京城作为占领者的"生活"中，体验过种种为了维持这种"生活"而付出的人性的代价。角川最终做出了他的选择：他把两名中国幸存者送出了南京城，然后举枪自杀。
1937年，距今差不多70年前，商人拉贝和他的妻子DORA生活在中国当时的首都—南京，他是西门子分部的负责人。他很难割舍把这个分部移交给他的继承人WERNER FLIESS。他爱中国，他知道在这里他是个有号召力的人物，然而回到柏林西门子总部，他只是众雇员中的一名而已。在他的庆功欢送舞会上，日军轰炸了南京城，随后日军攻占了上海。由于恐慌事件突发，拉贝毅然打开公司的大门为他的中国员工及其家庭提供避难。
《南京》是第一部以外国人的视角回顾南京大屠杀的纪录片，从创作开始就受到全世界关注，并在2007年的美国圣丹斯电影节上引起轰动。电影中有大屠杀幸存者的讲述、从6个国家搜集到的各种音像和文字资料，场面震撼人心。
1937年12月11日，南京城被围，中日双方展开血战。日军疯狂屠杀手无寸铁的中国百姓，中山门，日军残酷屠杀俘虏。日军第六师团长谷寿夫在中华门说，我们是第一个攻占南京的部队，必须载入史册，命令解除军纪三天，并说所有的中国女人都是慰安妇。日军第十六师团团长中岛今朝吾率部进入国民政府，他在蒋委员的办公室里设立了自己的司令部，南京正式沦陷。
